Miranda Keyes est alors chargée de commander l'opération sur l'Arche, pendant que Terrence Hood reste sur Terre. Malgré l'arrivée inopinée du Parasite dans l'installation Forerunners, John-117, avec l'aide de l'Arbiter, chef des Shangheili, parvient finalement à détruire l'Arche.

Miranda Keyes et Avery Johnson meurent durant la bataille, finalement remportée par le UNSC et les Shangheili. L'Aube, vaisseau de Miranda Keyes, qui était resté dans le système de l'Arche, revient finalement, avec l'Arbiter à son bord.

Cependant, seule la moitié du vaisseau a traversé le portail, qui s'est effondré après la destruction de l'Arche. John-117 et Cortana sont restés dans l'autre moitié du vaisseau et considérés comme morts au combat. Hood inaugure un mémorial aux nombreux humains tués durant la guerre contre les Covenants. Les Shangheili décident d'en rester là avec l'humanité et repartent vers leur monde natal. L'Alliance Covenante est, semble-t-il, définitivement vaincue.

 John-117 a malgré tout survécu. Cortana décide d'envoyer une balise de localisation, mais elle sait qu'il faudra des années pour que la deuxième moitié de l'Aube soit retrouvée.   

/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////